配合ROMS所需： netcdf 4.1.2 + hdf5 + zlib 1.2.5

ROMS如果要用到netcdf4以上，必需要讓netcdf4編譯時用到 with hdf5 非常煩人
很快速的記下步驟：
一、安裝 zlib1.2.5

./configure --prefix=/usr/local/zlib --shared
make
make install

註：如果 --prefix=/usr/local/zlib 是讓zlib裝在 /usr/local/zlib 資料夾中。這樣裝的好處是方便管理，缺點是 lib 與 includ 所在地要另外告知系統(就是讓系統知道他們被放在/usr/local/zlib 中。通常我的作法是寫一個script放在/etc/profile.d中，內容如下：

#! /bin/bash
ZLIBHOME=/usr/local/zlib

if [ -z "${LIBRARY_PATH}" ]
then
    LIBRARY_PATH="$ZLIBHOME/lib"
    export LIBRARY_PATH
else
    LIBRARY_PATH="$ZLIBHOME/lib:${LIBRARY_PATH}"
    export LIBRARY_PATH
fi

if [ -z "${LD_LIBRARY_PATH}" ]
then
    LD_LIBRARY_PATH="$ZLIBHOME/lib"
    export LD_LIBRARY_PATH
else
    LD_LIBRARY_PATH="$ZLIBHOME/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
    export LD_LIBRARY_PATH
fi

安裝szip-2.1

http://www.hdfgroup.org/ftp/lib-external/szip/2.1/src/szip-2.1.tar.gz
tar zxvf szip-2.1.tar.gz
cd szip
export F77=ifort
./configure --prefix=/usr/local/szip
make all
make install

二、安裝 hdf5 同zlib，如果我們不是裝在預設的資料夾，就需要告訴系統lib與includ放哪。拿上面的script一下即可。

export FC=ifort
./configure --prefix=/usr/local/hdf5 --enable-fortran --enable-hl --enable-shared --with-szlib=/usr/local/szip --with-zlib=/usr/local/zlib

make
make check
make install
make check-install

三、安裝libjpeg (jpge-6b) 原來，hdf4和hdf5是不相容的，衛星資料用的是hdf4，所以來裝一下hdf4，上面的libjpeg與szip就是為了這個hdf4裝的，請注意路徑是否與下面的設定一致。 在安裝hdf4之前，還得先裝libjpeg (jpge-6b)

wget http://www.hdfgroup.org/ftp/lib-external/jpeg/src/jpegsrc.v6b.tar.gz
tar zxvf jpegsrc.v6b.tar.gz
cd jpeg-6b
export F77=ifort
./configure --prefix=/usr/local/libjpeg
make all
# 需要自行新增資料夾…
mkdir /usr/local/libjpeg/bin
mkdir /usr/local/libjpeg/man
mkdir /usr/local/libjpeg/man/man1
make install
mkdir /usr/local/libjpeg/include
make install-headers
mkdir /usr/local/libjpeg/lib
make install-lib

四、安裝 hdf4

#因為gdal要新版，epel裏的太舊，所以要自己裝，重點是，如果這個 hdf4 打算讓gdal用，就必需加上下面三行
export CFLAGS="-fPIC"
export CXXFLAGS="-fPIC"
export LIBS="-lm"
export F77=ifort
./configure --prefix=/usr/local/hdf4 --with-szlib=/usr/local/szip --disable-netcdf --disable-fortran --enable-shared
#./configure --prefix=/usr/local/hdf4 --with-zlib=/usr/local/zlib --with-szlib=/usr/local/szip --with-jpeg=/usr/local/libjpeg --enable-fortran 
make
make check
make install
# 因為hdf4的bin裏也有叫做ncdump 與ncgen的執行檔，和netcdf取同樣名子，所以把它改掉。
cd /usr/local/hdf4/bin
mv ncdump h4dump
mv ncgen h4gen

四、安裝 netcdf 4.3.1.1 (C) 與 netcdf-4.2 (fortran)
注意，自4.2版之後，fortran c c++分開，要先裝c版，再裝fortran 版 CPPFLAGS="-I/usr/local/hdf5/include -I/usr/local/zlib/include" LDFLAGS="-L/usr/local/hdf5/lib -L/usr/local/zlib/lib"
所以改成下面指令

yum install libcurl-devel.x86_64
wget ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4.3.1.1.tar.gz
tar zxvf netcdf-4.3.1.1.tar.gz
cd netcdf-4.3.1.1
./configure FC=ifort F77=ifort F90=ifort CXX=g++ --prefix=/usr/local/netcdf --enable-netcdf4 --enable-shared --enable-dap CPPFLAGS="-I/usr/local/hdf5/include -I/usr/local/zlib/include" LDFLAGS="-L/usr/local/hdf5/lib -L/usr/local/zlib/lib" 
make 
make check
make install
wget http://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/ftp/netcdf-fortran-4.2.tar.gz
tar zxvf netcdf-fortran-4.2.tar.gz
cd netcdf-fortran-4.2
#./configure FC=ifort F77=ifort F90=ifort CXX=g++ --prefix=/usr/local/netcdf --enable-shared CPPFLAGS="-I/usr/local/netcdf/include -I/usr/local/hdf5/include -I/usr/local/zlib/include" LDFLAGS="-L/usr/local/hdf5/lib -L/usr/local/zlib/lib -L/usr/local/netcdf/lib" 
#因為系也另外裝了netcdf，所以要注意LD_LIBRARY_PATH裏的順序，我們裝的netcdf要放前可，不然會用到系統裝的，會有問題。
#所以如果用上面的方法出現錯誤，可能是這個原因，那就改用下面的方法
CPPFLAGS="-I/usr/local/netcdf/include -I/usr/local/hdf5/include -I/usr/local/zlib/include" \
  LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/hdf5/lib:/usr/local/zlib/lib:/usr/local/netcdf/lib:${LD_LIBRARY_PATH} \
  LDFLAGS="-L/usr/local/hdf5/lib -L/usr/local/zlib/lib -L/usr/local/netcdf/lib" \
  LIBS="-lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lcurl" \
  ./configure  FC=ifort F77=ifort F90=ifort CXX=g++ --prefix=/usr/local/netcdf --enable-shared --prefix=/usr/local/netcdf

安裝 netcdf 4.1.3
注意，自4.1.3版之後，不支援--with-hdf5=/usr/local/hdf5，取而代之的是改用
CPPFLAGS=-I/usr/local/hdf5/include LDFLAGS=-L/usr/local/hdf5/lib
所以改成下面指令

yum install curl-devel.x86_64
./configure FC=ifort F77=ifort F90=ifort CXX=g++ --prefix=/usr/local/netcdf --enable-netcdf4 --enable-shared --enable-dap CPPFLAGS=-I/usr/local/hdf5/include LDFLAGS=-L/usr/local/hdf5/lib 
make 
make check
make install

安裝 netcdf 4.1.2

./configure FC=ifort F77=ifort F90=ifort CXX=g++ --prefix=/usr/local/netcdf --enable-netcdf4 --enable-shared --with-hdf5=/usr/local/hdf5
make 
make check
make install